这篇讲话，对军事学院建院以来取得成绩与存在缺点的评价，显然是不符合历史事实的。在批评学院缺点时，武断地说“教学工作中教条主义相当严重”。
这篇讲话，打乱了军事学院正常教学秩序。院党委和各部、系都不得不成立中心组，全体学员停课一周，学习贯彻报告精神，大张旗鼓地开展反对教条主义的运动。同时，这也为1958年扩大会议发动全军范围的反教条主义运动定下了基调，作了理论上、思想上的准备。
采取了积极、慎重的态度。他虽因脑部旧伤复发一直在上海治疗，但仍指示在校主持工作的陈伯钧、钟期光召开院党委扩大会议，学习贯彻讲话精神，并做出了《关于深入开展反教条主义的决定》。这个决定，明确提出“学院成立以来的工作成绩是基本的、主要的”，认为缺点和错误的性质是“在学习马克思列宁主义和外国经验中的教条主义倾向”。对于彭德怀的讲话关于教学工作中教条主义相当严重的批评，委婉地陈述了自己的看法。
在当时反对教条主义已经形成气候，军事学院承受着首当其冲的巨大压力的情况下，和党委一班人，只能用这种曲折婉转的方式，来表达自己的原则。
5月16日，彭德怀主持第109次军委会议，讨论总高级步校党委进一步反对教条主义的决定时说，中国军事的教条主义是有历史根源的，从袁世凯建立新军以来，中国的军事学就开始衰退了。袁的新军是抄袭日本的东西，北伐时代是抄袭苏联的东西，蒋介石叛变革命以后，他又去抄袭德、意、日、美、英的东西。中国的红军建立后，旧军队的制度和习气被农民游击队打得粉碎，逐渐创建了人民军队自己的一套。可是有人对这一套缺乏信心，有自卑感，认为自己的东西土里土气，不叫科学。当然对苏联的东西，我们还是要学，但是不要忘了自己的好东西。
1957年，战役系学员毕业后，军事学院开始了分校建院的工作。7月底，任命为高等军事学院院长兼政委。然而，的健康状况使他实在难以担任此职。他于8月6日写信给和彭德怀，呈请免任高等军事学院的领导职务。
这一年，病痛与忧虑交加。在医院的病房里，他对自己的身体状况作了这样的描述:“感觉残老身体就像一部长久用损的汽车，小修未好又经几年过分使用之后，遂成一部难好易翻的破车……左脑后部与两太阳穴处常作胀痛，眼复流泪水至头部昏眩。”“反教条主义”运动更像一块压在他心头上的大石块，使他日益担心刚刚走上轨道的军队正规化、现代化建设被迫中止。
从1957年下半年开始，全军的“反教条主义”运动逐步升级。在这场运动中，除了南京军事学院院长遭到批判，主持训总工作的也没能幸免。一直是主张既要批评和纠正教条主义式的态度和方法，也要反对经验主义的态度和方法。
1958年4月8日，来到南京军事学院，在全院教职学员干部大会上发表讲话。他在讲话中，对军事学院工作中的成绩作了充分肯定，反对给军事学院戴教条主义的帽子，并勇于承担责任。他说:“有人说学院是教条主义的头头，但应该说，全军包括院校和部队都有教条主义的成份，当然不必安上一个教条主义的帽子。过去军事训练中出现教条主义倾向，主要责任在领导。训总首先应作自我批评，不要把责任推到底下，因为我们照搬、照翻、照印、照发，毫无疑问你们底下只好照办，我们四照，你们只一照。”
在这次讲话中，怀着崇高的敬意，谈到老战友，对这位受到不公正批判的军事理论家作了高度赞扬，给以深切的慰藉:“我们的同志经历了40多年战场生活、军队生活，精通俄文，战斗经验丰富。像他这样的同志是很少的。他很红、很专，就是不健。他八九次受伤，为革命为人民流了很多血，是我们国家和人民的宝贝，应该很好地维护他的健康，以便他能更好地负责国家大事。”这番话，在当时军队“反教条主义”空气浓厚的情况下是很难得的，表现了他敢于坚持真理的态度和对老战友的线多名教职员听到他的发言无不为之感动，报以热烈的掌声。
召开1958年军委扩大会议，是同年3月中央成都会议上决定的。在推动开展全国经济建设“”的同时，想也促一促军队的工作，使之与全国的形势相适应。因此，确定军委扩大会议的重点议题是检查军委和各总部对工作的领导。当时对军队工作的一般看法是:全国解放后，在经济工作和文教工作中产生了教条主义，军事工作中搬了一部分教条，基本原则坚持了，还不能说是教条主义。
即将当选为中央副主席的参加成都会议回到北京后，听说在1958年3月10日至5月的训练总监部四级干部会议上，对怎样认识和反对教条主义有争论。他含沙射影地说:“有人一提起学习就想到外国，专学外国的东西，以为只有外国的东西才是好的。这就是迷信，一定要打破迷信观点，”“不要一说到外国的东西就津津有味，把本国的东西看作是‘土包子’”，“我们的经验很丰富，不能把黄金当作黄土甩掉了”。他还耸人听闻地说:“有的单位不把军事著作作为军事基本教材，只作为参考材料，是不对的。有的单位连参考也没有列上，就更不应该。”以隐喻的口气说这番话，是不点名地攻击军事学院和训练总监部，攻击主持这两个单位工作的领导人和。
军委扩大会从5 月22 日开始，开了约两个星期，“反教条主义”就成了会议的主题。认定萧克、李达等是“反对反教条主义”的，另外一方是“反教条主义”的，报告了，并建议将军委扩大会议的主题改为开展“反教条主义”斗争。同意了的建议，并在莲花池会议上决定要作检讨。
5月28日，彭德怀在军委扩大会议第二次小型会议上发言说，对于军队中的教条主义是早有感觉的，但在1953年冬只提了反对，因为当时刚刚开始学，反对得不够大胆；直到去年在南京军事学院讲话时才明确提出反对教条主义。过去提的不明显，吃了亏。
5月30日，彭德怀在军委扩大会议第三次小型会议上又说:苏军从第二次世界大战后期以来，在军队建设上有不少违背列宁建设原则的地方。另外，苏军在内部关系上，曾经有一个时期不正常，现在正在改进。苏军的一套组织制度和体制，大都是为着巩固单一首长制。我们有些同志由于受旧军队影响较深，看不到苏军的这些问题，反而热爱这一套。我们在学习上，搬错了一些东西，但也了一些，不是全部都搬了。我们之所以要严肃地批判教条主义，是为着把我军的优良传统牢固地传下去；不然的话，当我军这批老的骨去以后，我军就有可能像匈牙利军队那样变质垮台的危险。
在会议过程中，有人提出要到会，听取意见。继任军事学院院长廖汉生看到会议批判的气氛越来越浓，调子越来越高，似乎“教条主义”就是一个人搞起来的，似乎在军事学院不仅有错误，甚至是罪过，这样紧张的气氛对刘帅久病的身体很不利，就悄悄打电话给留在南京主持学院日常工作的张震副院长，向他通报了会议情况，表明他的意见:“请告诉刘帅不要来北京，他身体不好，可以请假，有话可由我们代为转达。”
6月7日上午，召集彭德怀、、罗荣桓、几位元帅开会。彭德怀在会上说:“我们来开会，是为了要解决问题，改进工作，为此就要把矛盾彻底暴露出来，求得正确解决。讲团结，只有把有碍团结的问题全部揭开了，展开批评，才能达到团结。批评的对象是军委和下属各部；因我主持军委日常工作，批评军委，主要就应当是批评我。有人担心大家批评军委，批评我，是否会影响领导威信。我说，威信是建立在真理上的，不是建立在军衔和勋章上面。我也不是老资格，既不是南昌起义的，也不是秋收暴动的，要查党龄、军龄，我都不如人家，我倒是在军阀队伍中干过的，有什么了不起呢？为什么批评不得？老资格更应该受得起批评。”