甲午战争后，帝国主义掀起了瓜分中国的热潮，在文化上他们通过教会深入中国城市和乡村，加入教会的教民和当地民众不断发生冲突。本来是地方的矛盾，但是由于官府处理不力，导致矛盾不断激化，酿成了越来越多的暴力事件。
多数地方官府在处理争端时，心里并不是对教民信任，但是因为教民获得了教会支持，地方官员不敢得罪洋人，当地民众只能抱团一起，义和团也因此发展起来，和教会对抗。
1899年10月上旬，山东省冠县飞地蒋家庄教民和当地民众发生冲突，义和团冲击当地的教堂。清政府派兵前往，朱红灯率团民数百人击败清军，这次事件后来被称为“平原起义”。
后来清廷加派军队人马前来，在森罗殿战斗中击败义和拳，先后活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。但当时的山东巡抚是毓贤，他仇视外国侵略者，对民众反洋教情绪比较同情。毓贤罢免了参与的清军将领，对义和团采取剿抚兼施，以抚为主的措施。他这种态度引起了西方列强的不满，在列强交涉下毓贤被革去职务。
1899年12月，袁世凯代替就任山东巡抚，采用了铁腕手段，严格限制义和团的活动，同时血腥复起的义和团。受到打击的义和团不得不向外省转移，很多人都跑到直隶等地。
清政府是严禁义和团的，先后派出多批军队参与。但义和团发展很快，其中数千义和团在石亭设伏，击毙了清朝练军分统杨福同，甚至涿州城也被义和团占领，此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛”的局面，义和团也因为打出“扶清灭洋”的口号，博得了舆论支持。
义和团不断发展壮大，大量杀害外国传教士使得外国列强大为恐慌，他们一方面要求清政府采取措施消灭义和团，另一方面请求派出“使馆卫队”进入北京。西方各国先后派出400多人进京进入了北京，还加派西摩尔率领2000人朝着北京来了，清政府感觉到了严重的威胁，也开始调集军队进入北京，董福祥率领甘军在1900年6月9日被调入北京驻守。
面对西方列强咄咄逼人的态势，清廷内部存在的主和与主战两派分歧更加严重。刚毅、载漪等官僚鼓吹义和团可以加以利用，清政府开始承认义和团为合法组织。6月10日起，义和团大量进入北京。
在义和团眼里，不仅光绪皇帝是绝对的反面角色，连那些洋务派的官僚，那些用洋货、信洋教的平民百姓，也都是敌对势力。义和团到处毁坏铁路、拆毁电灯，带洋就杀，就毁，对待基督教徒不分中外一律屠杀。北京富商权贵的人家很多，义和团们打着“灭洋”爱国的旗号到处抢劫，商铺客栈被他们随意污蔑有奸细，却趁机把钱财抢来瓜分。义和团焚毁正阳门下4000多家商铺，大火烧了三天三夜都不灭。
就连不少大臣权贵之家也被抢，朝廷的吏部尚书的家都被洗劫一空，钱财被抢，再接着放火烧屋，包括很多著作，文玩书籍等都被烧没了。义和团贪婪残酷，就连曾经鼎力支持他们的80岁的大学士徐桐，家里财物同样被抢一空，对于亲自去迎接义和团进北京的大学士，真是最好的讽刺。
当时还有讽刺义和团的诗句：“大师兄，大师兄，你拿表，我拿钟；师兄师兄快，我抢麦子你抢米”。北京城里的义和团们过上了富裕的好日子，靠着打爱国的旗号发财了。
慈禧太后后来连续召开御前会议，并最终作出了以武力阻止联军进京的决策，对外宣战。在北京的外国使馆便成为攻击的目标，当时在北京的清军和义和团有十几万人，对于据守使馆区和西什库教堂的外国军队有压倒性优势，打了几个月却始终不能攻下。一方面是因为慈禧想留点余地，另一方面更是因为义和团根本就没想打，他们只会到处烧杀抢劫财物，心思就不在爱国上。
这个时候，西方列强正式组建由英国军官西摩尔为统帅的八国联军，率军自天津向北京进发，但由于沿途铁路许多已被义和团拆毁，再加之义和团与甘军的不断袭扰，被迫后撤。
西摩尔在归途中遭到清军名将聂士成和义和团的阻击，聂士成先前过义和团，对义和团报有成见。平时义和团吹嘘神功无敌，刀枪不入，聂士成就借机将这些义和团派上前线。
义和团认为，西方侵略者的枪炮都是“妖魔邪术”，只要“心诚念咒”再手持狗血秽污即可“刀枪不入”，以“赤衣徒手持秽污”的方式向八国联军阵地发起冲击，遭到了八国联军的机枪扫射，义和团损失惨重，有不少人临阵毙亡，剩下的人一哄而散。
逃跑的义和团撤回时又遭到聂军的机枪扫射，死伤惨重。由于铁路断了，前面的聂军又装备精良，联军无法前进只能后撤，清廷称此役为廊坊大捷。义和团抢先报功，裕禄相信义和团，清政府大赏于义和团，而聂军则分文无赏。
而他的盟友义和团的成分极为复杂，既有贫苦农民、手工业者、城市贫民、小商贩和运输工人等下层人民，也有部分官军、富绅甚至王公贵族，后期也混杂进了不少流氓无赖。这些义和团这个时候不帮忙，却乘机四处焚掠，聂士成派兵，杀了义和团千多人，更招致义和团妒恨，诋毁聂士成通敌，清廷下旨督责，给聂士成以革职留任处分。
聂士成非常气愤，称“上不谅于朝廷，下见逼于拳匪，非一死无以自明”，于是每次战斗均亲自上前线。 后来聂军与八国联军在前线交战时，义和团却跑去抓聂士成的母亲、妻子及女儿，聂士成派兵追赶，手下的士兵也有义和团串通的，大叫聂军造反并开枪射击聂军，使聂士成腹背受敌，身中数弹。
七月九日，聂士成在城西八里台中炮阵亡。义和团本来想着戮聂尸，因联军追至才幸免，后来德军扯来一条红毯子，盖在聂士成破碎的身体上，并让士兵把聂士成的遗体交还给清军。
聂士成一生参与剿捻、中法战争等，在甲午战争中击败日军名将立见尚文，取得摩天岭大捷，是整场战争中极少的胜战。在对抗八国联军的战争中中取得廊坊大捷，最后力战身亡。
可悲的是，由于载漪、刚毅力阻，清廷下诏称聂士成“误国丧身，实堪痛恨，姑念前功，准予恤典”。后来在1902年，直隶总督兼北洋大臣袁世凯代为聂士成请恤，朝廷上谕以聂士成追赠太子少保，著照提督阵亡例赐恤，加恩予谥，聂士成才得到了。
聂士成牺牲后，马玉昆等清军将领对义和团的态度发生变化，也开始报复义和团。马玉昆部让这些义和团在前面充当先锋，却在后面枪杀义和团。清军和义和团内讧，加上叛徒的出卖，使得八国联军炸开城墙攻入城中，天津失陷了。
在清廷对外“宣战”之后，湖广总督张之洞与两江总督刘坤一为首的地方实力派，朝廷对外开战的决定，与外国达成协议，维持和平局面，实行东南互保的政策。
当时的沙俄除了派兵参加八国联军入侵华北以外，从7月开始，沙俄军队分数路大举入侵东北地区，最后攻陷铁岭，东三省沦陷。同时沙俄一路烧杀抢掠，制造了惨绝人寰的海兰泡惨案与江东六十四屯惨案，屠杀大批中国平民。
1900年8月14日凌晨，八国联军对北京发动总攻，当时很多老百姓都帮着抬梯子，运送粮食弹药等，联军顺利攻破城门进入北京，慈禧见势不妙，迅速带领光绪帝等西逃。那些抢劫财物的十几万义和团，除了少数人抵抗外，大多数都拿着财物，丢掉义和团的衣服，逃跑躲起来，八国联军经巷战后于16日攻陷了北京，并进行了烧杀抢掠。
八国联军在中国犯下了滔天罪行，连八国联军统帅瓦德西都承认：“所有中国此次所受毁损及抢劫之损失，其详数将永远不能查出，但为数必极重大无疑”。“又因抢劫时所发生之妇女，残忍行为，随意杀人，无故放火等事，为数极属不少，亦为增加居民痛苦之原因”。
慈禧逃跑的同时，将战争的责任推到义和团头上，并命令各地清军予以剿杀。在清军和八国联军的双重打击下，义和团运动最终平息。
为了收拾残局，清廷启用庆亲王奕劻及李鸿章与外国谈判，清廷最终与十一国签订了丧权辱国的《辛丑条约》，赔款白银四亿五千万两。
那些主战派的大臣，其实也只是为了个人的利益，大都同样只是打着爱国的旗号，等到敌人打来的时候，却只会逃跑。毓贤、载勋等人最终被处死，载漪、载澜等人被发配边疆，还有不少被解除职位的。
义和团的发展壮大，就是这些大臣和义和团两者之间相互利用，都想借此谋取自己的利益。可惜到了最后，都被慈禧算计了，都成了为慈禧背锅的，真是可怜又更加可恨。
为了让人们相信自己的法术和神通，义和团想出来各种有中国特色的东西。义和团有八卦的名号，有符咒的使用，还有来自戏剧小说的各路神仙和英雄，从关羽、张飞到孙悟空、猪八戒等等，应有尽有。但义和团他们的这些法术，在洋枪洋炮下面基本没有什么作用。
几万团民，几个月都打不下由30个洋兵把守的西什库教堂。众多义和团列举的所谓战绩，绝大多数都是清朝正规军的，非义和团所为。建立在虚幻的法术上的勇敢，是靠不住的。尽管他们的确进行了抵抗，也牺牲了很多人，但却没有对八国联军造成太大的威胁。还有很多人只顾着抢劫财物，到处烧杀，等到敌人真正来了就逃跑了。